A Nemzeti Fenntartható Fejlődési Tanács munkáját a tagból álló munkabizottságok segítik. A munkabizottságok száma és jellege változó, alkalmazkodva a Tanács feladataihoz.

Jelenleg a következő munkabizottságok működnek:

Fenntartható Okos Település Munkabizottság

A Nemzeti Fenntartható Fejlődési Tanács és az Innovációs és Technológiai Minisztérium közös szervezésében a Fenntartható Okos Település ideiglenes munkabizottság fő célja, hogy a településfejlesztéssel foglalkozó szakemberek közösen kidolgozzanak egy olyan útmutatót, mely többek között kitér a hatékony, takarékos és minőségi szolgáltatások biztosítására, a természeti erőforrások optimális hasznosítására, a közösségi értékteremtő megoldások összegyűjtésére, az életminőség javításának fenntartható módjaira és a gazdaságilag és ökológia szempontból is önfenntartó, reziliens rendszerek felé való fejlesztések támogatására. A Fenntartható Okos Település Útikalauz megalkotásának célja, hogy elősegítsük azt, hogy a települések értékteremtő megoldásokkal tudjanak hozzájárulni a 2030-as SDG-k (fenntartható fejlődési célok) teljesítéséhez, különös tekintettel a 11. számú célra (a városok és egyéb emberi települések befogadóvá, biztonságossá, ellenállóképessé és fenntarthatóvá tételére).

Szakmai Egyeztető Munkabizottság

A Szakmai Egyeztető Munkabizottság tagjai a fenntartható fejlődési koncepció különböző részterületeit képviselik. Ülésein hivatalból részt vehetnek a Nemzeti Fenntartható Fejlődési Tanács tagjai, emellett egy-egy speciális téma megvitatása alkalmából felkért szakértők is. Feladata a legújabb tudományos eredmények és a hazai szakmai közvélemény közvetítése a Tanács felé. Szorgalmazza, hogy jelentőségének megfelelően alkalmazzák a fenntartható fejlődés helyesen meghatározott fogalmát és célkitűzéseit. A munkabizottság meghatározó szerepet játszott a Nemzeti Fenntartható Fejlődési Keretstratégia koncepciójának kidolgozásában, a célok kitűzésében, az előrehaladás nyomon követésében. Különös figyelmet szentel azon tudományos elméleteknek és koncepcióknak, melyek alkalmazása közelebb vihet a fenntartható társadalom megvalósításához Magyarországon.

Klímapolitikai Munkabizottság

A kormányzati, tudományos és civil szervezetek szakértői alkotta Klímapolitikai Munkabizottság célja, hogy a fenntartható fejlődés elvével összhangban segítse az NFFT munkáját az éghajlatváltozás területén.

Stratégiai Munkabizottság

A Stratégiai Munkabizottság feladata a legfrissebb tudományos eredmények közvetítése a Tanács számára, valamint segíteni a fenntartható fejlődés foglaménak helyes értelmezését és jelentőségének megértetését. A Tanácson belül a Stratégiai Munkabizottság volt a felelős a Nemzeti Fenntartható Fejlődési Keretstratégia koncepciójának a megalkotásáért, és a stratégiai célok meghatározásáért. Emellett a munkabizottság különös figyelmet fordít azon tudományos elméletek megvitatására, amelyek elősegítik a társadalmi-gazdásági rendszerünk fenntarthatóbbá válását.